Un petit garçon soudanais, Elijah, de 4 ans, adopté par un couple de célébrités, a disparu de sa chambre en pleine nuit, à deux heurs et demi du matin. Au matin, Sam est à leur appartement pour débuter l'enquête.
Pendant ce temps, Vivian continue d'enquêter sur une serveuse qui était la cible d'un kidnappeur (Épisode 5.24 "Un nouveau départ"). Ce dernier a été tué quinze jours plus tôt, mais elle n'a pas donné signe de vie depuis. Avant de classer le dossier, Vivian veut s'assurer qu'elle est toujours en vie et que le kidnapper n'avait pas de complice qui aurait pu l'enlever.
Disparu depuis 5 heures
Jack rejoint Sam à l'appartement des Douglas, les parents d'Elijah. Elle lui résume ce qu'elle a appris. Ils n'ont rien entendu d'inhabituel cette nuit là, ils dormaient tous. Jack décide d'aller vérifier les alentours. A l'arrière de l'appartement, il découvre un conduit qui mène dans la chaufferie de l'appartement. Il y trouve des coupures de presse, ainsi qu'un interphone pour bébé permettant d'entendre tout ce qu'il se passe dans l'appartement. Jack pense à un maniaque. Lorsqu'il en parle aux parents, Kate, la mère, lui raconte qu'elle a croisé un homme bizarre alors qu'elle prenait un taxi quelques jours plus tôt. Elle sortait de chez le docteur avec Elijah quand un homme lui a proposé son aide et lui a posé des questions sur Elijah. Au moment où le taxi s'apprêtait à démarrer, il a donné au chauffeur l'adresse de leur appartement.
Vivan est au restaurant où travaillait la serveuse, Angela. Elle y interroge sa patronne. Cette dernière ne comprend pas pourquoi Angela ne l'a pas encore prévenue. La dernière fois qu'elle l'a vu c'est quand Vivian a commencé à la rechercher. Elle se souvient que Todd, le kidnappeur, était déjà venu avec un ami, Joe. Ils avaient discuté avec Angela. Le soir où Angela a disparu, elle a vu passer Joe au volant d'un van. Vivian prévient Jack qu'elle pense que Todd avait bien un complice. Elle demande à Jack, s'il ne peut pas montrer le portrait robot du possible complice à Jen, la jeune fille qui avait échappé à Todd. Jack lui promet d'essayer.
De son côté, Martin a trouvé a qui correspondent les empreintes sur l'interphone de bébé. Il s'agit de l'homme du taxi. Martin l'interroge avec Danny. Il admet qu'il était dans la chaufferie, mais il n'a rien fait à Elijah. Il leur conseil de s'intéresser à Jay, le fils de Christopher, le père adoptif d'Elijah. Il était jaloux d'Elijah car son père s'intéressait moins à lui depuis son arrivée.
Disparu depuis 10h
Danny a enquêté sur Jay, personne ne l'a vu depuis une heure. Et Danny a découvert dans un de ses emails l'emploi du temps pour trouver Elijah. En surveillant les achats effectués avec sa carte bancaire, il découvre qu'il vient d'acheter un ticket de bus. Jack et Martin se rendent sur place pour rattraper le bus et récupérer Jay. Ils le ramènent au FBI, mais son père ne veut pas qu'il soit interrogé. Il leur explique que Jay a vendu l'emploi du temps à un photographe pour avoir une console de jeu. Jay a eu peur d'être responsable de la disparition d'Elijah et il a pris peur. Mais Christopher est convaincu que le photographe n'est pas responsable de la disparition d'Elijah. Il explique alors à Jack qu'il y a deux mois, il a reçu une lettre d'un homme qui disait être le père biologique d'Elijah, Isaac. Et un mois plus tard, il est venu lui parler alors qu'il était dans un parc. Il a choisi de payer Isaac pour que celui-ci ne viennent plus l'embêter.
Martin a aussi découvert que la gouvernante des Douglas a été agressée par un homme noir. On lui a volé les clés de l'appartement des Douglas.
Comme il l'a promis à Vivian, Jack montre à Jen le portrait robot du complice présumé. Elle le reconnaît. Il était là lorsqu'elle a été enlevée. Il a essayé de la violer, mais elle s'est défendue, ce qui l'a énervé. Elle ne se souvient de rien d'autre mis à part qu'à un péage, ils avaient payé 4,50$.
Disparu depuis 12 heures
En regardant les photos prises par le photographe, Danny repère l'homme qui a agressé la gouvernante. Grâce au portrait robot, il reconnaît Isaac.
Sam a fait des recherches sur Isaac, elle a découvert qu'il avait déjà fait une tentative d'arnaque à la paternité. Ils n'ont pas son adresse, mais ils ont trouvé celle d'un de ses amis, Luol.
De son côté, Vivian accueille l'inspecteur Mars. Il vient l'aider pour son l'affaire de la serveuse disparue. Selon sa théorie, Todd et son complice se servaient de maisons abandonnées pour leurs enlèvements.
Disparu depuis 14 heures
Au FBI, Sam discute avec Kate. Elle est de plus en plus inquiète. Sam lui demande de se concentrer et de regarder la photo de Luol. Elle le reconnaît. Elle l'avait déjà vu au centre culturel, ils avaient discutés car il venait du même endroit qu'Elijah.
Jack et Elena interrogent Peter. Luol l'a appelé de nombreuses fois et au centre culturel on leur a dit, qu'ils s'étaient enfuis ensemble du Soudan. Il n'y est pour rien dans le kidnapping de Elijah, mais Luol est venu le voir le matin même. Il lui a demandé de garder un couteau plein de sang et de lui prêter de l'argent pour s'enfuir. Luol devait le rappeler pour récupérer l'argent, mais il ne l'a pas encore fait. Peter connaît aussi l'adresse d'Isaac.
Disparu depuis 15 heures
Une équipe se rend chez Isaac. Ils le trouve mort dans sa cuisine dans une marre de sang. Mais il n'y a aucune trace d'Elijah.
Alors que les parents d'Elijah sont de plus en plus inquiets, Luol appelle Peter pour lui fixer rendez-vous. Jack est sur place avec une équipe et ils arrêtent Luol. Alors qu'il est interrogé au FBI, il finit par leur avouer ce qu'il s'est passé. Isaac l'a convaincu de l'aider en lui disant qu'il voulait rendre Elijah à ses vrais parents. Quand il a découvert que ce n'était pas le cas et que la seule chose qu'Isaac voulait c'était de l'argent, la situation a dégénéré. En se défendant, Luol a poignardé Isaac et à mis Elijah en sécurité. Il accepte de dire où se trouve Elijah seulement à sa mère. Martin va cherché Elijah à l'endroit indiqué et le ramène à sa famille.
De leur côté, Vivian et l'inspecteur Mars ont trouvé la maison louée par Todd et son complice. Mais contrairement à ce qu'ils pensaient, les kidnappings étaient très organisé, et il y a dû avoir de nombreuses victimes. En effet Vivian et l'inspecteur trouvent de nombreuses portes avec des verrous et des cages.
